Está claramente establecido, que en el año 1651, un negro esclavo angoleño de la zona de Pachacamilla llevado por un superior plasmó en una pared de adobes del local de su cofradía la sagrada efigie del Redentor Crucificado para que patrocinara sus reuniones y les sirviese de guía.
Estos negros esclavos nativos de Angola, por haber rendido culto al Señor Crucificado y haberse hermanado para ayudarse en vida y auxiliarse en muerte, constituyen el origen de la Hermandad del Señor de los Milagros. Tanto la hermandad de las Nazarenas como otras similares formadas al amparo de distintas imágenes o diversas advocaciones, a pesar de su antiguo y tradicional origen, recién en estos últimos tiempos se han organizado y estatuido debidamente adquiriendo personería jurídica y legal. Recién en época del Virrey Amat y Junient se fundaron las cuatro primeras cuadrillas de cargadores cuando los devotos ya habían impuesto el tradicional hábito morado.
Este feliz acontecimiento tuvo lugar el 3 de mayo de 1766. Cuando la infausta Guerra del Pacifico de 1879, ya habían 7 cuadrillas de cargadores, y cuando el ejército chileno ocupo la capital limeña, no salió la procesión del Señor de los Milagros, 4 años más tarde se fundó la octava cuadrilla y las doce restantes se fundaron en el siglo XX entre 1904 y 1962.
– La 11a Cuadrilla fue conformada por componentes de la primera cuadrilla.
– La 13a Cuadrilla de Policía de la Hermandad.
– La 14a Cuadrilla lo conforman los Portadores del Palio
– La 15a Cuadrilla se inicio con los hermanos que efectuaban labores en el templo, los de Brigada de emergencia y los cereros y mistureros.
– La 16a Cuadrilla se formo con los integrantes de la brigada de emergencia. Cumplen función de primeros auxilios para lo cual sus integrantes reciben charlas medicas a lo largo del año estando así capacitados para atender los casos de emergencia en las procesiones de Octubre.
– La 17a Cuadrilla la fundaron los Guardianes del Señor, quienes complementaban la 16 cuadrilla.
– La 18a Cuadrilla se inicio con componentes de la antigua PIP.
– La 19a y 20a Cuadrilla se crearon con fines similares a los de acción católica.
Las Sahumadoras y las Cantoras integraron oficialmente la Hermandad entre 1962 y 1967 pero estas sacrificadas hermanas tienen un origen muy antiguo, pues ya hubo sahumadoras y cantoras desde los primeros homenajes al Cristo de Pachacamilla en el año 1671 y participaron en los recorridos procesionales desde 1687 hasta los tiempos presentes. En el año de 1946 se llevo a cabo una reorganización en la Hermandad produciéndose por consiguiente muchos cambios fundamentales hasta llegar a la actual organización de la Hermandad.
En 1955 se dio el reconocimiento de la hermandad por la autoridad eclesiástica, adquiriendo la debida personería Legal y Jurídica (los estatutos se inscribieron Notarialmente el 29 de Enero de 1959).
